Nel 1973, Rupnik, entra nella Compagnia di Gesù e, dopo aver studiato filosofia a Lubiana, nel 1977 si iscrive all'Accademia di Belle Arti di Roma, concludendo nel 1981 con una tesi dal titolo "Luigi Montanarini e il problema dell'interpretazione".
Seguirà poi gli studi di teologia all'Università Gregoriana di Roma, dove si specializzarà in missiologia, con una licenza su "Vassilij Kandinskij come approccio a una lettura del significato teologico dell'arte moderna alla luce della teologia russa".

Nel 1985 diventa sacerdote e per alcuni anni, dall'87 al 1991, si stabilice a Gorizia presso il Centro “Stella Matutina” dei gesuiti, dove lavora soprattutto tra i giovani.

Nel 1991 consegue il dottorato alla Facoltà di Missiologia della Gregoriana con una tesi su “Il significato teologico missionario dell'arte nella saggistica di Vjačeslav Ivanovič Ivanov”.

Dal settembre 1991 risiede ed opera a Roma, presso il Centro Aletti, di cui è direttore, mentre insegna alla Pontificia Università Gregoriana e al Pontificio Istituto Liturgico Sant'Anselmo.

Dal 1995 è Direttore dell’Atelier dell’arte spirituale e del Centro di studi e ricerche che si affianca alla missione che la Compagnia di Gesùsvolge presso il Pontificio Istituto Orientale.

Il Centro si rivolge a studiosi e artisti di ispirazione cristiana del centro ed est Europa, per creare l'occasione di uno scambio tra loro e i colleghi dell'ovest. Esso promuove la convivenza di ortodossi, cattolici di rito orientale e latino nell'ottica della crescita di ciascuno nella propria Chiesa, con lo scopo di valorizzare l'incontro tra Oriente e Occidente cristiani.

È stato inaugurato da papa Giovanni Paolo II il 12 dicembre 1993. Ne è direttore Marko Rupnik. È costituito da un piccolo gruppo di gesuitie da una comunità di sorelle che partecipano alla stessa missione. Il modo che caratterizza l'attività del Centro consiste nel calare lo studio e la ricerca in un ambito relazionale, sempre “privilegiando i rapporti interpersonali” Per questo motivo lo studio è sempre legato alla vita e tiene conto delle persone concrete.

Dal 1999 al 2013, consultore del Pontificio Consiglio per la Cultura.

Nel 2003 ha ricevuto il premio internazionale “Beato Angelico” per l'Europa.

Dal 2012 è consultore del Pontificio Consiglio per la Promozione della Nuova Evangelizzazione e nel gennaio 2017 papa Francesco lo ha nominato consultore della Congregazione per il culto divino e la disciplina dei sacramenti.

L'anno successivo riceve il dottorato honoris causa dall'Università Francisco de Vitoria di Madrid e nel 2014 dalla Facoltà di Teologia di Lugano.

Oltre alla sua attività di teologo e artista, attraverso conferenze e la guida di corsi ed esercizi spirituali, si dedica da sempre anche a quella più specificamente pastorale. È autore di numerosi libri di teologia e spiritualità, molti dei quali pubblicati dalla casa editrice Lipa.

Il Card. Tomàš Špidlík sottolinea che, osservando le pitture di Rupnik, si conclude che la sua ascesa artistico-mistica è stata precoce. Dopo i primi tentativi da ragazzo, niente altro che figurativi, si è appassionato sempre di più alla bellezza silenziosa (o astratta) dei puri colori, arrivando a comprendere, all'Accademia di Belle Arti a Roma, oltre al mistico Evagrio, anche Kandiskij, convertendosi, poi, di nuovo all'arte figurativa dopo lo studio delle icone orientali»

Il suo mondo è colorato e onirico, affascinante, ricco di colori, ispirato alla pittura astratta di Kandiskij.

Padre Rupnik, all'inizio si muove in un mondo, tutto suo, misterioso e interiore, che non segue metodologie rigorose o la scienza, ma che è essenziale per l'uomo, cercando contrasti e colori, sostenendo che l'unione con Dio è l'armonia nei colori, armonia possibile anche nella diversità e nella coesione dei colori assoluti, puri, forti, che, amalgamati insieme dai contrasti e dall'amore, creano una sinfonia. Ma a Rupnik non interessa il colore in sé, ma sente che attraverso di esso arriverà alla centralità di Cristo.

Il "Volto di Cristo" viene ricercato ovunque, anche nella fase non figurativa, caratterizzata dalla pastosità dei colori, inframmezzata a tessuti, pelli di animali, oggetti, tappeti... Egli comincia la ricerca del “Volto del Cristo”, eterno e personale che sta sotto le culture e le tradizioni antiche, quelle degli indiani d'America, degli slavi antichi, dei primordi dell'arte cristiana. tutto si compatta attorno alla Croce. Rupnik attinge al patrimonio spirituale e culturale dell'Oriente cristiano, ai Padri, ma anche ai teologi russi più recenti, che gli permettono alla “Chiesa indivisa” del primo millennio, ritenendo insufficiente una parte della teologia occidentale, razionale e imprigionata negli schemi senza capacità simbolica.

Lui ci racconta delle tante mostre che faceva con grande successo, ma stava correndo dei rischi, tuttavia seguendo S. Ignazio di Loyola si era orientato verso una libertà interiore e verso la spiritualità dei Padri del monachesimo... si era allora distaccato dalle sue opere, dalle mostre, quasi dalla pittura, per essere davvero libero di realizzare la «bellezza che salva il mondo», intuendo che deve ricercare forme artistiche coerenti destinate a spazi sacri e che la sua arte si realizza partecipando alla liturgia essenziale e comunitaria, comprendendo che c'è un'unicità tra l'evento liturgico che si celebra e l'edificio o lo spazio che lo ospita, immagine della Chiesa, dell'umanità e dell'universo trasfigurati.

Dice:"Abbiamo bisogno di un'arte liturgica che non solo susciti ammirazione, ma anche devozione, riverenza, pietà, senso religioso.”

I MOSAICI E L'ARTE CORALE DEL CENTRO ALETTI

Nel 1999, con l'Atelier dell'arte spirituale del Centro Aletti, p. Marko Rupnik conclude il rinnovo a mosaico della Cappella Redemptoris Mater affidatogli dal papa Giovanni Paolo II. L'arte di Rupnik sarà da allora impegnata in un rapporto dialogico tra l'iconografia della tradizione Orientale e la sensibilità artistica della modernità Occidentale, unite in particolare nella tecnica del mosaico.

La scelta del mosaico, è da ricercare da un lato nella tradizione, dall'altro nella modernità di correnti come l'arte povera.

• “il martello non è come la spatola o il pennello. Quella della pietra è un'arte più esigente, più dura, la pietra ha una sua volontà. Se la prendi per il suo verso ti asseconda, se no ti fai male”. La scelta di lavorare con la pietra porta a purificare l'orizzonte interno e la comunicazione con gli altri

• “il mosaico non lo si può fare da soli, è sempre un'opera corale”. Nell'antichità i mosaici erano fatti da artisti che lavoravano sotto la guida di un maestro tutti insieme nel cantiere. Perciò fare mosaici è “un'esperienza ecclesiale”. “Dal lavoro di comunione il movimento materico pian piano si rivela, acquista un volto”. "Qui a Capiago a lavorare con me c'erano dodici artisti. Se ne fossero mancati tre, ne sarebbe venuto un mosaico diverso. Perché nessun mosaico è fatto a tavolino in modo astratto o rigidamente prefissato. Bisogna tenere conto delle persone che concretamente vi lavorano."

"Ho impiegato anni di ricerca per arrivare a una semplice essenzialità che si rifà al primo romanico, alla prima epoca bizantina e gotica. Quelle epoche sono di una maturità artistico-spirituale formidabile. Non si tratta di imitare, ma di ispirarsi e ricreare quell'intenzionalità spirituale."
"In questo tempo che scivola sempre di più verso il virtuale e l'immaginario penso sia importante l'amore per la realtà, per la creazione" come fedeltà alla materia amata da un Dio che si è incarnato."

I mosaici di Rupnik e del Centro Aletti sono composti con tessere irregolari (da pochi millimetri a decine di centimetri) di materiali diversi: granito, marmi, travertino, smalto, argento, madreperla, foglie d'oro. Essi creano un movimento entro cui gli artisti suggeriscono il nesso fra liturgia e storia, fra tempo e salvezza eterna.
In essi il rosso e il blu “esplodono” come segni della “divino-umanità” del Cristo, di Maria, dei suoi discepoli e di quanti si lasciano muovere dallo Spirito: essi sono "fondamento incrollabile dell'armonia dei colori, i due colori in cui i cristiani del primo millennio riconoscevano il divino e l'umano» (Crispino Valenziano in "La luce del colore").

Nella chiesa dei Santi Agostino e Monica a Casciago, in provincia di Varese si trova un altro mosaico ad opera di Marko Ivan Rupnik, ugualmente raffigurante la Discesa di Cristo agli inferi.

L'Arte del Centro Aletti

Nel sito ufficiale del Centro Aletti, che si occupa quasi esclusivamente di realizzare opere in spazi liturgici, sono censite dal 2000 ad oggi oltre 150 mosaici. Si tratta di opere diversissime, da pochi metri quadrati ai 2400 del doppio ciclo musivo di San Giovanni Rotondo.

Oltre a varie tecniche artistiche, vi si studia teologia.

Nell'équipe ci sono anche architetti, in modo da poter gestire tutte le fasi del lavoro, dalla progettazione dello spazio ecclesiale fino alla realizzazione dell'arredo liturgico e delle opere d'arte (mosaici, vetrate, pittura…).

La casa editrice è nata nel 1994 e si chiama Editrice Lipa, il cui nome richiama la parola lipa che il alcune lingue slave indica il tiglio, la pianta sacra degli antichi popoli slavi, divenuta nella simbologia cristiana l'albero della risurrezione...